Uudistettavan metsikön tilalle pyritään perustamaan uusi tuottava ja luonnoltaan monipuolinen metsikkö. Luontaisen uudistamisen menetelminä voidaan käyttää siemenpuumenetelmää, jossa uudistusalalle jätetään parhaita puuyksilöitä. Männyn uudistusaloilla siemenpuita jätetään 50 - 150 kpl/ha, kuusen uudistusaloilla 100 - 300 kpl/ha. Männyllä on runsas siemensato 1-2 kertaa kymmenessä vuodessa. Kuusella hieman useammin 2-3 kertaa kymmenessä vuodessa. Siemensatojen ajankohdat on tärkeää ottaa huomioon maanmuokkauksen ajoittamisessa.
Männyn luontainen uudistaminen sopii karkeille, kuivahkoille ja sitä karummille kankaille. Se sopii myös osittain rahkasammal peitteisille varpu- ja puolukkaturvekankaille. Vesakoitumisen estämiseksi koivun osuus ylispuustosta on oltava vähäinen. Uudistusalan pitää olla raivattu. Luontainen uudistaminen edellyttää että alueella on riittävästi runsaan latvuksen omaavia hyvälaatuisia siemenpuita. Runsas siemensato saadaan, kun puita on 100-200kpl/ha. Puita on kuitenkin vähintään oltava 50kpl/ha. Kuivaa ja sitä karumpia kankaita lukuun ottamatta kangasmaille tehdään äestys tai laikutus maaston muodoista riippuen. Turvemaille suositeltavaa on myös laikutus. Tuleentumisen saavuttamiseksi lämpösumman on oltava yli 700dd. Männyllä siemensato on vain joka neljäs kevät, mikä pitää ottaa huomioon maanmuokkauksen ajoittamisessa edellis kesälle. Siemenpuiden korjuu on tehtävä viimeistään viiden vuoden kuluttua taimettumisen toteamisesta. Korjuu pitäisi suorittaa talvella, mieluummin suojasään aikaan. Siemenpuista osa pitää jättää säästöpuiksi. Säästöpuuryhmän sijoittaminen olisi kannattavaa metsätaloudelliselta kannalta vähemmän merkitykselliselle paikalle esim. kallio, soistuma ym. Luontaisessa uudistamisessa on taloudellisen säästämisen lisäksi mm. se hyvä puoli, että tukkimiehentäi jättää luontaiset taimet rauhaan. Negatiivisia puolia luontaisella uudistuksella on ryhmittäinen taimettuminen jolloin joudutaan tekemään täydennys istutusta. Arveluttavaa on myös prosessin epävarmuus. Joudutaan myös seuraamaan hyviä siemenvuosia jolloin metsänomistajan tulonsaanti voi venähtää. Siemenpuuryhmiä ja kaistalehakkuita suunnitellessa on otettava huomioon siemenen leviämismatka, joka on kaksi kertaa puun valtapituus. Kaistalehakkuussa kaistaleen leveys saa olla enintään 50m. Etelä- ja keskisuomessa on 2 vuoden aikaraja jolloin taimiaines on saatava syntymään. Jos annettuun aikarajaan ei tulosta saada niin alueelle joudutaan tekemään erilaisia viljelytoimenpiteitä. Pohjoisessa aikaraja on 5 vuotta.
Kuusen luontainen uudistaminen vaatii suunnittelua jo vuosia ennen uudistushakkuuta. Uudistustulos on usein ryhmittäistä. Tämän vuoksi taimikon tasoittamiseksi tehdään usein täydennysistutus. Näin saadaan paras hyöty irti suhteessa pinta-alaan.
Kuusen luontaisessa uudistamisessa vaarana ovat myrskytuhot. Tuhojen vähentämiseksi käytössämme on suojuspuumenetelmä. Suojuspuumenetelmän käyttö on monivaiheinen, ja kivennäismailla epävarma. Suojuspuumenetelmä toimii parhaiten lehtomaisilla kankailla, tai korvissa. Tulokset voivat olla huonoja jos yritetään soveltaa hoitamattomiin, tiheisiin kuusikoihin.
Menetelmää voidaan käyttää ainoastaan sekametsässä, jossa uudistettavan puuston alle on muodostunut kasvatuskelpoista taimikkoa.
Kuusta voidaan uudistaa luontaisesti myös kaistaleina. Hakatun kaistaleen leveys saa olla enintään 50m ja sen molemmilla puolilla on oltava siemenkykyisiä puita. Kangasmailla kaistale tulisi muokata laikuttamalla, tai äestämällä maanpinnan muodoista riippuen. Turvemailla kaistaleen annetaan luontaisesti kasvaa koivulle. Jos menetelmän tarkoitus toteutuu niin koivun alle syntyy luontaisesti kuusi alikasvos. Koivikko hakataan kuusen kuitupuukokoisena jättämällä suojuspuita n. 200kpl/ha. Koivut toimivat verhopuina, ja syntyy kuusi- koivu sekametsä. Jos halutaan niin koivut voidaan hakata kokonaan kuusten päältä jolloin saadaan puhdas kuusikko.
Jos ympäröivissä siemenpuissa havaitaan juurikääpää niin luontainen uudistaminen ei ole mahdollista. Juurikäävän havaitsemisessa on usein järkevää vaihtaa puulajia. Jos kuusen viljelyä jatkettaisi taimet luultavasti saisivat juurikäävän juurten välityksellä.
Luontaisessa uudistamisessa säästetään istutus kuluissa, vaikka tämä monesti on paras ja varmempi vaihtoehto kuusen uudistuksessa.
Suojuspuiden poistossa keskimäärin 30% taimikosta vaurioituu. On aavisteltu, että tulevaisuudessa tultaisiin käyttämään pienaukkohakkuun, suojuspuumenetelmän ja viljelyn yhdistelmää uudistamismenetelmänä. Kuusen luontainen uudistaminen sisältää selvästi enemmän riskejä, kuin männyn luontainen uudistus.